Au XXVIe siècle, l’humanité — sous l’égide du Gouvernement Terrien Uni et de son bras armé, le Commandement Spatial des Nations Unies (United Nations Space Command, UNSC) — a colonisé l’espace grâce à la technologie du Réacteur Shaw-Fujikawa permettant les voyages en sous-espace. En l’an 2525, elle connut son premier contact extraterrestre en rencontrant la coalition militaro-théocratique connue sous le nom d’Alliance Covenante. Cette dernière décréta les humains indignes de ses dieux et entreprit de les exterminer.
En l’an 2552, alors que l’UNSC mène une guerre désespérée pour tenter de repousser les Covenants, utilisant entre autres les super-soldats Spartans, la colonie rebelle de Madrigal est attaquée par l’Alliance, qui mène des excavations sur la planète. Une équipe Spartane menée par le Major John-117 élimine les forces extraterrestres et découvre un artéfact alien différent de la technologie covenante, qui s’active au toucher de John et se révèle être un indice conduisant à l’objet de la quête ultime de l’Alliance Covenante: Halo…